Mod_perl — очень удобен при ограниченных ресурсах.Он позволяет кэшировать хранить в памяти скомпелированный код вашего скрипта — таким образом, обращаясь каждый раз к одному и тому же скрипту — он не будет обрабатываться интерпритатором — а будет сразу отрабатывать.
Но эту функцию необходимо отключить, когда начинается отладка/разработка.
Для конкретной папки можно дабавить в конфиг Apache
<Location чего-то-там>
SetHandler cgi-script
</Location>
SetHandler cgi-script
</Location>
и если вы используете файлы .htaccess, то просто добавить в него
SetHandler cgi-script